Choć Maska Czasu nie zdała się na wiele, Toa nadal stawiają czoła niebezpiecznym Bohrok Kal. Ich więź z mocami żywiołów może być rozwiązaniem wszystkich problemów. Jednak bohaterowie nie wiedzą, że nawet jeśli Kal upadną, w cieniach Mata Nui czai się kolejny przeciwnik.
Wysiłki Toa Nuva, mające na celu powstrzymanie Bohrok Kal, nie dają żadnego efektu. Bohaterowie dowiadują się, że ich wrogowie odnaleźli miejsce uwięzienia Bahrag, oraz że szykują się do ich uwolnienia. Z tego powodu Tahu podejmuje decyzję o użyciu mocy Maski, która dotychczas była tylko legendą…
Toa Nuva odkrywają, że za kradzieżą ich symboli Nuva, i tym samym ich mocy, stoją Bohrok Kal, elitarne jednostki roju Bohrok, których celem jest przebudzić królowe Bahrag. Powodzenie ich planu oznaczałoby utratę wszystkiego, co wywalczyli sobie Toa. Widmo zagłady wciąż wisi nad wyspą Mata Nui.
Po zdobyciu nowych mocy Toa Nuva rozchodzą się do swoich wiosek uznając, że są w stanie w pojedynkę poradzić sobie z czyhającymi na wyspie zagrożeniami. Nie wiedzą jednak, że nowi wrogowie są o wiele potężniejsi od czegokolwiek, z czym mieli do czynienia.
Po zaciętej walce Toa pokonują Bahrag i zamykają je w więzieniu powstałym z połączenia mocy sześciu żywiołów. Jednak po osiągnięciu zwycięstwa bohaterowie wpadają w pułapkę i zostają zanurzeni w tajemniczej, potężnej substancji. Losy Toa mogą zostać ostatecznie przypieczętowane…
Toa znajdują wyjście z pułapki i kierują się na bezpośrednią konfrontację z samymi królowymi roju – Bahrag. W walce pomogą im znalezione w gnieździe pancerze Exo-Toa. Czy jednak ta zwiększona siła ognia wystarczy, by pokonać bestie?
Tahu i Kopaka odkrywają drogę, którą Bohroki dostają się na wyspę. Okazuje się, że najeźdźcy pochodzą z wnętrza ziemi. W tym samym czasie Onua próbuje uratować kontrolowanego przez rój Lewę. Toa będą potrzebowali całej możliwej mocy by zmierzyć się z tym, co czai się w podziemiach wyspy Mata Nui.
Toa planują zasadzkę mającą na celu pojmanie Bohroków i wykradnięcie ich Krana. Tymczasem Kopaka odkrywa ich kolejne sekrety, między innymi to, że są one żywe. Żaden z Toa nie ma jednak wieści na temat Lewy, który może znajdować się w wielkim niebezpieczeństwie.
Po zwycięstwie nad Makutą, Toa muszą podjąć się kolejnego wyzwania. Roje Bohroków pojawiły się na wyspie Mata Nui, siejąc spustoszenie i równając wszystko z ziemią. Jednak ich sekret – sterujące rojem Krana – może być kluczem do ocalenia wyspy po raz kolejny.
Makuta, zawistny brat Wielkiego Ducha, planuje przeszkodzić Toa w ich misji. Bohaterowie jednak podejmują współpracę, dzięki której są w stanie przeciwstawić się knowaniom władcy Cieni. Ich podróż ku wyzwoleniu wyspy rozpoczyna się na dobre.